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高品質(zhì)血漿來源cell free DNA NGS文庫構(gòu)建試劑
閱讀：1125發(fā)布時間：2020-11-10
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ThruPLEX® Plasma-seq Kit | ||||||||||||||||||||
| · 專為cfDNA設(shè)計：經(jīng)過優(yōu)化的修復(fù)及連接試劑 · 高品質(zhì)NGS文庫：在寬廣的GC含量范圍內(nèi)，可以達到高檢測再現(xiàn)性 · 起始量范圍廣：＜1 ng到30 ng cfDNA量 · 快速簡便：無需純化或樣品轉(zhuǎn)移的單管、2小時、3步操作步驟 · 應(yīng)用領(lǐng)域：液態(tài)活檢、ctDNA、目標區(qū)域測序等領(lǐng)域文庫構(gòu)建 · 兼容自動化平臺：Beckman® FXP Workstation | ||||||||||||||||||||
| ■ 產(chǎn)品說明： | ||||||||||||||||||||
| ThruPLEX® Plasma-seq基于ThruPLEX技術(shù)，并用于血漿來源cfDNA高品質(zhì)NGS文庫構(gòu)建。 該試劑專門針對cfDNA進行優(yōu)化，在保持樣本GC代表性的基礎(chǔ)上，提升了文庫的信息容量。文庫構(gòu)建后可用于CNV分析、全基因組測序分析或是采用一些panel針對目標區(qū)域進行捕獲富集后的DNA分析,如Agilent SureSelect® and Roche NimbleGen SeqCap® EZ。 血漿樣品采用ThruPLEX Plasma-seq試劑盒制備文庫，能有更好的靈敏度、更準確的基因變異分析結(jié)果。與其它液態(tài)活檢的樣品一樣，血漿由于其易獲得、價值高的特點，深受研究腫瘤學(xué)或者孕婦血漿中胎兒游離DNA科研工作者的重視。 | ||||||||||||||||||||
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| 圖1. ThruPLEX® 技術(shù)概要。ThruPLEX Plasma-seq Kit技術(shù)3步反應(yīng)即可完成針對cell free DNA的建庫工作。1~30 ng含量的cf DNA首先高效的進行末端修復(fù)。通過采用莖環(huán)形接頭（無單鏈尾巴）進行高效平端連接，降低了背景。封閉的5’端阻止了接頭-接頭二聚體形成。隨后未使用的接頭被降解，進一步降低背景。高保真度擴增的方式完成以上反應(yīng)，并獲得含有illumina index的文庫。 | ||||||||||||||||||||
| （*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.） | ||||||||||||||||||||
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| 圖2. 高cfDNA文庫多樣性、更少的Unmapped Reads。ThruPLEX Plasma-seq Kit構(gòu)建的文庫，具有高的多樣性和低的duplicates和unmapped reads。圖中表示cfDNA分別提取于3份血漿樣品，文庫定量采用Qubit熒光定量。Bioanalyzer測定mononucleosomal DNA在各樣品的量分別為0.09 ng、0.62 ng、15.44 ng。Pooled libraries采用illumina NextSeq 500 paired end模式測序，且每個文庫產(chǎn)生17 M到25 M reads。每個文庫在down-sampling數(shù)據(jù)至17 M reads以后，計算Duplication rates。 | ||||||||||||||||||||
| （*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.） | ||||||||||||||||||||
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| 圖3. 優(yōu)異的靶向測序文庫構(gòu)建能力。圖中所示ThruPLEX Plasma-seq Kit構(gòu)建的文庫通過panel進行高效捕獲，對kinome進行深度測序分析以檢測突變。3個血漿樣品分別起始建庫量為5 ng、6.5 ng、10 ng，三次重復(fù)。目標區(qū)域采用SureSelectXT2的ClearSeq Human DNA Kinome Panel進行捕獲，并用Illumina Miseq平臺進行測序，平均每個文庫獲得5 M reads，目標堿基被成功捕獲分析。 | ||||||||||||||||||||
| （*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.） | ||||||||||||||||||||
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| 圖4. 高重復(fù)性的、無偏倚的GC覆蓋度。針對人類基因組，ThruPLEX Plasma-seq Kit表現(xiàn)出高再現(xiàn)性、低偏倚GC覆蓋度NGS文庫構(gòu)建能力。9次獨立的血漿樣品文庫構(gòu)建的實驗結(jié)果表明，ThruPLEX重復(fù)性高于其它產(chǎn)品。文庫的制備是利用的1 mL血漿來源cfDNA，后續(xù)采用illumina NextSeq 500進行測序。作為對比，A公司試劑構(gòu)建了4份獨立血漿樣品的文庫。 | ||||||||||||||||||||
| （*圖片來源于Takara Bio USA,Inc.） | ||||||||||||||||||||
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圖5. Karolinska協(xié)會和CRUK測試的結(jié)果。5 ng游離cf DNA采用ThruPLEX Plasma seq Kit進行illumina文庫構(gòu)建。結(jié)果表明利用Hiseq平臺進行的Low-pass WGS,每個文庫能獲得接近12.5 M reads。 訂購信息：
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