激光共聚焦顯微鏡和掃描電鏡都是點源逐點掃描成像，通過控制掃描驅動范圍，調節放大倍數。激光共聚焦顯微鏡是通過激光掃描的方式工作，可以獲得三維圖像。掃描電鏡是利用細聚焦電子束在樣品表面掃描時激發出來的各種物理信號來調制成像的，只能得到二維圖像，不能得到三維圖像。
激光共聚焦顯微鏡利用激光束經照明針孔形成點光源對標本內焦平面的每一點掃描，標本上的被照射點，在探測針孔處成像，由探測針孔后的光點倍增管或冷電耦器件逐點或逐線接收，迅速在計算機監視器屏幕上形成熒光圖像。
照明針孔與探測針孔相對于物鏡焦平面是共軛的，焦平面上的點同時聚焦于照明針孔和發射針孔，焦平面以外的點不會在探測針孔處成像，這樣得到的共聚焦圖像是標本的光學橫斷面，克服了普通顯微鏡圖像模糊的缺點。
優點：
1、以激光為光源，在相應的熒光探針標記后，對樣本進行逐點掃描，逐層獲得二維光學橫斷面圖像，具有“細胞CT”的功能，并可通過計算機三維重建軟件支持，獲得三維圖像，并可以任意角度旋轉，觀察細胞，組織立體形態和空間關系;
2、可對細胞膜的流動性，細胞間通訊，細胞融合，細胞骨架彈性測量等，這一技術可以對活細胞和組織進行原位動態定量的觀察和測量。
3、可以對活細胞和組織進行無損傷的觀察，動態測量細胞內的Ca離子濃度和pH值等活細胞生理信息。
