高壓滅菌器通過產生高溫高壓的蒸汽來殺滅細菌、病毒和其他微生物。這種蒸汽可以滲透到物品的每一個角落，確保消毒。
高壓滅菌器與高壓鍋的不同之處在于滅菌器的動作更為嚴峻。待消毒的器械存放在滅菌器腹部的室內。滅菌器一打開，就將濃密的蒸汽云送入腔室。此時，壓力和溫度開始升高。通常，大多數高壓滅菌器都希望維持約120℃(約250°F)的溫度。
該設備包括多個閥和管道，以允許蒸汽進入腔室并將污染的空氣引向出口。而且不是必須施加120℃和15分鐘的特定組合，可根據內部材料使用不同的組合。當壓力增加時則沸點升高；壓力減小則沸點降低。
高壓滅菌器在發生故障后的正確處理應對思路如下：
1.由專人負責操作，定期維護和檢修，壓力表等定期送特定的壓力容器部門校對。
2.滅菌器一旦故障，應立即停止使用，并緊急聯絡設備生產廠商或特定的維修公司。
3.如一時不能修復，可暫時停止更換籠具，改用輻照滅菌飼料。
4.長時間不能修復，籠具更換、清洗后用化學消毒劑浸泡，從緩沖間內噴霧消毒后傳入屏障設施內，晾干后使用；其他物品則臨時改用輻照滅菌后消毒液噴霧傳進屏障設施內。
高壓滅菌器在每班作業前，應檢查各儀表和水、電、汽源和氣泵是否正常；作業時，每周打印滅菌記錄1次；作業后要保持設備內外的衛生清潔。平時應注意觀察設備運轉是否正常，發現問題應及時解決。維護時應嚴格按規定進行規范作業；必要時請專業人員進行檢修。在每次滅菌都必須進行安全測試，確保達到有效滅菌。
操作人員必須保持滅菌器內外清潔，擦洗柜內必須在污染區內進行，滅菌飼料后要清洗滅菌器。操作人員要持證上崗，嚴格按操作規程進行操作。設備操作員負責做好使用、維護與檢修的記錄工作。
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