選擇保護柱的原則是：在滿足分析分離要求的前提下，盡可能的選擇較短的保護柱結構，對分離樣品有比較小的保留性的色譜填料。
在選擇保護柱之前首先要考慮的是樣品是否清潔。對于大部分分析工作來說，一支1cm長的保護柱便能提供充分的保護作用。但是，如果樣品非常不清潔，或工作中要經常更換保護柱，那么就應該選擇2cm或3cm長的保護柱。但是，隨著保護柱的加長，保留時間也會變長。
一般來說，保護柱填料的選擇是由分析柱的填料決定的，正常情況下可以選擇與分析柱一樣的色譜填料，但是，根據實際工作的需要，也可以不必與分析柱的填料完全匹配。
當滿足下列條件之一時就應該更換保護柱：
a、色譜柱的理論塔片數下降15%以上；
b、色譜柱柱前壓上升15%以上；
c、最難分離的物質對分辨率下降15%以上；
d、樣品進樣次數超過150次；
e、流動相通過1500倍的色譜柱體積。
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