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eppendorf離心機內部各系統每年仔細保養檢修一次。儀器的可疑部分要進行校驗和清除內部污物塵埃，長期不用時要定期通電，讓油循環和冷凍系統啟動運行，保證管遭暢通。下面就各個系統的檢修加以說明。
1.驅動系統的檢修
驅動系統是離心機的心臟部分，高速電機、變速齒輪、旋轉軸承和滑動軸承等任何一部分出現不正常現象， 都會影響儀器的正常運行。
驅動系統的主要異常情況有：出現異常聲音； 軸承燒壞， 用于轉動轉子時有阻力感覺；犬齒輪打壞，高速旋轉軸打斷；升速緩慢，振動厲害，轉速達不到額定轉速；高速電機長期運行， 軸承潤滑油甩干，形成千磨而發生聲音異常 振動和轉速不穩定等。
高速電機長期運行，碳刷磨損縮短，壓簧松動，碳刷附著力減小，碳刷與換向器（整流子）之間的電阻增大和碳沫的污染，均能形成火花，燒毀換向器 同時會發出一種放電的“啪啪" 聲，影響電機的正常運行。高速電機的線包短路、斷路和絕緣破損均能使電機發熱而不能啟動。出現以上任何一種異常情況，均應立即停機檢修。
2.真空系統的檢修
目前的超速離心機（高速離心機沒有真空系統）大部分采用機械旋轉式真空泵和油擴散泵兩級真空系統， 真空度可達到10-3mmHg， 這樣就大大地減少了空氣的磨擦阻力和摩擦所產生的溫度升高。為了保證離心腔內的真空度，預冷的轉子裝到旋轉軸上之前要把表面的霜霧水分擦凈， 再 入離心室， 然后啟動真空泵抽真空。
3.另外，在離心機長期的工作過程中，會有一些水分浸入瓢泵內與油混合。所以在每次檢修時，要將真空泵底部的排油開關打開，把水排放出來，而后將附件漏斗插入排油口乙烯管中，加注MR一100真空油，一直加到油位觀察中心標線高度 若在排水之前發現油太臟、發黑， 剛應全部將其放出更換。
做完上述檢修后，接著檢查聚油槽下面的乙烯管內是否積滿油。如發現積油，說明油霉分離器被堵塞，這樣就需要將油霧分離器頂母螺絲擰下， 拆下頂蓋，抽出濾芯更換。
eppendorf離心機運轉前應先切斷電源并先松開離心機剎車，可以手試轉動轉鼓，看有無咬煞情況。檢查其他部位有無松動及不正常情況。接通電源依順時針方向開車啟動(通常從靜止狀態到正常運轉約需40-60秒左右)通常每臺設備到廠后均須空車運轉3小時左右，無異常情況即可工作。物料盡可能要放置均勻。必須專人操作，容量不得超過額定量。嚴禁機器超速運轉，以免影響機器使用壽命。機器開動后，若有異常情況必須停車檢查，必要時需予以拆洗修理。離心機工作時是高速運轉，因此切不可用身體觸及其轉鼓，以防意外。濾布的目數應根據所分離物料的固相顆粒的大小而定，否則影響分離效果。另外濾布安裝時應將濾布密封圈嵌入轉鼓密封槽內，以防物料跑入。為確保離心機正常運轉，轉動部件請每隔6個月后加油保養一次。同時查看軸承處運轉潤滑情況，有無磨損現象;制動裝置中的部件是否有磨損情況，嚴重的予以更換;軸承蓋有無漏油情況。機器使用完畢，應作好清潔工作，保持機器整潔。不要將非防腐型離心機與于高腐蝕性物料的分離;另外嚴格按照設備要求、規定操作，非防爆型離心機切不可用于易燃、易爆場合。“喘振"制冷離心式機組的現象。制冷離心壓縮機原理是將大分子量的制冷劑通過高速運動將其積壓到小的空間進行壓縮，然后通過降溫進行冷凝。離心式冷水機組能量調節方式是靠調節高速轉動的導片角度來調節壓縮比當供冷量下降的時候，導片做的功降低，壓縮出去的氣體壓力和吸入壓縮機的氣體壓力相近，導致氣體回流 產生機械的強迫震動。(也稱“喘振")喘振會造成機械部件的損壞。