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二手安捷倫氣質聯用儀進行清洗前要先準備好相關的工具及試劑，然后打開儀器，小心地拔開與離子源連接的電纜，擰松螺絲，取下離子源。取預桿之前先取下主四極桿,豎放在無塵紙上,再取下預桿待洗。注意整個操作過程一要小心謹慎，二要避免灰塵進入腔體。將離子源各組件分離，在離子源的所有組件中，燈絲、線路板和黑色陶瓷圈是不能清洗的。
該儀器主要有以下幾種清洗方式：
方式一：
1、一般都是先用清水沖洗烘干后再用硫酸重鉻酸鉀洗液浸泡。
2、色譜樣品瓶的洗法和做液相等其他是一樣的，先使用酒精侵泡4個小時以上，然后超聲半個小時，然后倒出酒精，使用水超聲半個小時，用水沖洗后烘干就可以了。
方式二：
1、自來水沖洗幾遍。
2、放入倒有純水的燒杯中，超聲15分鐘。
3、換水，再超聲15分鐘。
4、泡在倒有無水乙醇的燒杯中。
5、之后取出自然風干。
方式三：
1、先用甲醇（色譜純）浸泡，并超聲清洗20分鐘，后將甲醇倒干。
2、再將色譜樣品瓶內注滿水，超聲清洗20分鐘，后將水倒干。
3、后將色譜樣品瓶烘干。
方式四：
1、倒干色譜樣品瓶內試液。
2、全浸入95%酒精，超聲洗2次后倒干，因為酒精易進入1.5mL的小瓶，且能與大多數有機溶劑互溶以達到。
3、倒入清水，超聲洗2次。
4、倒干瓶內洗液，于110攝氏度烘1~2小時，不能于高溫下烘烤。
5、冷卻，保存
方式五：
1、如果費用足，每次用新的比較好。
2、如果要重復使用，清洗二手安捷倫氣質聯用儀的方法也很重要，首先用強氧化清洗液（重鉻酸鉀）浸泡24小時，然后用去離子水在超聲波條件下清洗三次，后用甲醇清洗一下，烘干可使用。
3、瓶墊一要換成新的，是分析農殘留時，定要換，否則會影響定量結果。
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