國內外醫院污水的殺菌消毒方法基本上可以分兩大類：一是物理法，二是化學法。其中物理方法主要有加熱、冷凍、輻照、紫外線和微波消毒等方法;化學方法就是利用各種化學藥劑如臭氧、液cl、次氯酸鈉、二氧化氯對廢水進行消毒。這些殺菌消毒方法都有各自明顯的局限性：

1.漂白fen消毒在操作過程中產生強烈的刺激性氣體，不利于操作人員的健康，消毒液濃度不便于控制，且反應后殘渣堆積于污水池內易造成下水道的堵塞;

2.液cl消毒對某些病毒、芽孢無效、易產生臭味，其消毒效果易受水質、水溫、接觸時間、pH值的影響，而且隨著時間的推移，水中病毒對液cl消毒產生較大的抗性，另外液cl的投加設備結構復雜，易被腐蝕，危險性較大;次氯酸鈉消毒電耗、鹽耗相對較大，運行費用高，而且其消毒能力弱，處理過程中易帶來廢渣;

3.臭氧基建高、耗電量大、運行費用較高，而且易產生嚴重的腐蝕;

4.二氧化氯消毒成本較高，所產生的ClO2-、ClO3-對健康有害，性有待進一步研究;

5.紫外線等物理方法沒有后續的殺毒作用、處理成本高;

另外，幾乎所有的氯化消毒劑均可與水中的腐殖質等多種有機物作用，產生眾多致癌、致畸、致突變的鹵代烴類有機物。