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島津GC-MS被廣泛應用于復雜組分的分離與鑒定，其具有GC的高分辨率和質譜的高靈敏度，是生物樣品中藥物與代謝物定性定量的有效工具。
島津GC-MS主要由以下部分組成：色譜部分、氣質接口、質譜儀部分
一、色譜部分
色譜部分和一般的色譜儀基本相同，包括柱箱、氣化室和載氣系統。除特殊需要，多數不再裝檢測器，而是將MS作為檢測器。此外，在色譜部分還帶有分流／不分流進樣系統，程序升溫系統，壓力、流量自動控制系統等。色譜部分的主要作用是分離，混合物樣品在合適的色譜條件下被分離成單個組分，然后進入質譜儀進行鑒定。色譜儀是在常壓下工作，而質譜儀需要高真空，因此，如果色譜儀使用填充柱，必須經過一種接口裝置-分子分離器，將色譜載氣去除，使樣品氣進入質譜儀。如果色譜儀使用毛細管柱，因為毛細管中載氣流量比填充柱小得多，不會破壞質譜儀真空，可以將毛細管直接插入質譜儀離子源。
二、氣質接口
氣質接口是GC到MS的連接部件。常見的連接方式是直接連接法，毛細管色譜柱直接導入質譜儀，使用石墨墊圈密封，接口必須加熱，防止分離的組分冷凝，接口溫度設置一般為氣相色譜程序升溫較高值。
三、質譜儀部分
質譜儀既是一種通用型的檢測器，又是有選擇性的檢測器。它是在離子源部分將樣品分子電離，形成離子和碎片離子，再通過質量分析器按照質荷比的不同進行分離，在檢測器部分產生信號，并放大、記錄得到質譜圖。
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