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超聲波顯微鏡的使用體驗可能感覺與傳統顯微鏡特別不同，因為大多數設置都是*數字化的，沒有目鏡，所以無法通過眼睛快速檢查樣品的位置和方向。此外，位移臺的控制可能與傳統顯微鏡的界面也有很大不同。快速掃描樣品整個深度的能力，無需像共聚焦顯微鏡那樣等待掃描完成，使得超聲波顯微鏡的工作流程快速且直接。同樣，快速的數據獲取速度使得實驗能夠快速連續地進行。然而，快速的數據獲取會導致大量數據迅速積累，用戶需在謹慎考慮數據存儲與數據處理能力的情況下方可進行長時間拍攝。
超聲波顯微鏡的調節與校正：
1.選擇并裝配物鏡和目鏡：按需要選擇物鏡和目鏡，在安裝目鏡時注意其內十字絲的方向。
2.調節照明：打開光源燈，調節變壓器旋扭，直到亮度適度為止。
3.焦準：將薄片置于物臺上，在教師指導下，用粗調或微調調焦至物象清晰。在此過程中，千萬注意，物鏡前透鏡不要與薄片接觸，以免打碎薄片或損壞鏡頭。
4.物鏡中心的校正：物臺旋轉軸、物鏡中軸、鏡筒中軸、目鏡中軸必須保持在一條直線上，才能正常使用，目前有關物鏡中心的校正將由指導教師來完成。
5.下偏光鏡的檢查：下偏光鏡的振動為東西向。當黑云母的解理平行下偏光鏡的振動方向時顏色最深，據此可以檢查、調節下偏光鏡的振動方向。
6.上偏光鏡的檢查：移去薄片，視域黑暗，說明上偏光振動方向與下偏光振動方向互相垂直。否則，需要進行調節。
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