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荧光显微镜是光学显微镜的一种，是免疫荧光细胞化学的基本工具。以紫外线为光源，用以照射被检物体，使之发出荧光，然后观察物体的形状及其所在位置。用于研究细胞内物质的吸收、运输、化学物质的分布及定位等。
荧光显微镜是以紫外光或蓝紫单色光激发标本来产生荧光，因为紫外光不可见，故由标本发出的荧光与背景反差很大，即荧光显微镜通常在黑暗的背景下观察彩色的图像;而普通显微镜是在明亮的背景下观察较暗的样品。这样荧光显微镜的对比度比普通显微镜提高约100倍，因此可观察到普通显微镜下看不到的结构细节。荧光显微镜具有对比度高这个突出的优点，得到了广泛的应用。
荧光显微镜有两种不同类型：
1.透射式荧光显微镜
它和普通光学显微镜类似，光源是从镜座出发经过聚光镜到达样品激发荧光后通过物镜，最后到达目镜。
2.落射式显微镜
大部分的荧光显微镜也是采用这种类型。它的光源是通过物镜落到样品上，激发荧光以后再发射回物镜，最后到达目镜。
不论是透射式的荧光显微镜还是落射式的，它们的光源都要经过激发滤色镜过，滤掉一部分的可见光。激发样品发出荧光后，还要经过阻断滤色镜，过滤掉一部分多余的激发光。最终，这使得我们观察到的是荧光物质染色部分所发出的荧光。
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