植物案例
MST技術
植物在整個生命周期中會經受多種微生物病原的侵襲,包括真菌,細菌,病毒,線蟲等,作物約30%的產量損失是由病原體造成的,病害是農業可持續發展面臨的主要問題。在植物與病原數百萬年的協同進化中,植物與病原的互作經歷了很多階段,為掌握植物與病原互作中的重要信號分子,深入了解植物免疫分子機制,不可避免的要進行分子間互作的檢測,今天來看一下微量熱泳動(MicroScale Thermophoresis, MST)分子互作技術在植物抗病方面的應用吧!
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植物與真菌--蛋白和離子
Gao, Mingjun, et al. "Ca2+ sensor-mediated ROS scavenging suppresses rice immunity and is exploited by a fungal effector." Cell 184.21 (2021): 5391-5404.
植物如何平衡抗病和生長發育平衡,zhong國科xue院分子植物科學卓yue創新中心何祖華團隊研究揭示了以ROD1為免疫抑制中樞,通過降解超氧活性因子ROS,抑制植物的免疫反應,平衡植物防御和生長之間的沖突。
水稻中,ROD1編碼一種Ca2+傳感器蛋白,以Ca2+依賴的方式結合到磷酸肌醇脂質,靶向至特定膜區域。ROD1刺激過氧化氫酶CatB的活性,促進活性氧(ROS)清除,抑制免疫;當有稻瘟菌侵染時,植物通過降解ROD1減弱其功能,產生有效的防衛反應。作者使用MST技術檢測ROD1可直接與Ca2+結合,并鑒定出活性結果位點。
圖注:MST技術分析ROD1與Ca2+的親和力和活性結合位點
另一方面,研究發現病原稻瘟菌中具有與ROD1結構類似的毒性蛋白AvrPiz-t,在植物體內盜用ROD1的免疫抑制途徑,實現侵染的目的,進而與病原菌共同生存。通過MST檢測到AvrPiz-t與Ca2+結合,進而盜用ROD1途徑。
圖注:MST技術比較ROD1和AvrPiz-t的Ca2+結合活性
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植物與細菌--蛋白和蛋白(Dimmer)
Xu, Ning, et al. "A plant lectin receptor-like kinase phosphorylates the bacterial effector AvrPtoB to dampen its virulence in Arabidopsis." Molecular plant 13.10 (2020): 1499-1512.
質膜定位受體樣激酶(RLKs)感知植物中保守的病原相關分子模式(PAMP),觸發免疫(PTI)。擬南芥凝集素受體激酶LecRK-IX已被證明調節細菌鞭毛蛋白來源肽flg22誘導的PTI。而許多病原體分泌的效應蛋白可抑制植物免疫。植物中是否存在某種機制抑制或削弱病菌分泌的效應蛋白的功能?
中科院微生物所劉俊研究組研究發現效應蛋白AvrPtoB是丁香假單胞菌的主要毒力效應子。AvrPtoB C端有一個功能的E3連接酶結構域,以植物中的鞭毛識別受體FLS2和幾丁質識別受體CERK1為目標進行降解,導致PTI的抑制。本研究中,作者發現效應蛋白AvrPtoB與擬南芥凝集素受體激酶LecRK-IX.2相互作用并泛素化降解LecRK-IX.2,抑制其介導的免疫。AvrPtoB在體外和體內都能形成二聚體,這種二聚體形成對其E3連接酶與底物的結合和泛素化所必需的。然而, LecRK-IX.2能與AvrPtoB S335位點互作并使其磷酸化,S335的磷酸化破壞AvrPtoB二聚體狀態,導致其抑制PTI反應的毒力下降。作者的研究表明,宿主RLKs可以修飾病原體效應器,以抑制其毒性,并削弱其抑制PTI的能力。
圖示:AvrPtoB對LecRK-IX.2的泛素化與其被磷酸化競爭模式圖
為了檢測AvrPtoB與自身以及與LecRK-IX.2親和力大小,作者進行MST實驗。結果表明,AvrPtoB與LecRK-IX.2的親和力(0.02μM)要遠高于其自身形成二聚體的親和力(18.7μM),表明AvrPtoB更容易與LecRK-IX.2結合。
圖注:MST技術檢測AvrPtoB自身以及與LecRK-IX.2CD
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植物與病毒--蛋白與離子/核酸/蛋白
Yao, Shengze, et al. "The key micronutrient copper orchestrates broad-spectrum virus resistance in rice." Science Advances 8.26 (2022): eabm0660.
銅是植物生長發育的重要調節劑,然而銅對病毒入侵的反應機制尚不清楚。之前的研究表明,SPL9介導的miR528轉錄激活為已建立的AGO18- miR528 - L- AO抗病毒防御增加了一個調控層。北京大學李毅課題組研究發現,Cu2+通過抑制SPL9的蛋白水平來抑制miR528的轉錄激活,進而提高ROS水平,增強AO積累量及其酶活,從而加強抗病毒反應,闡明了銅穩態的分子機制、調控網絡以及SPL9-miR528-AO抗病毒途徑。
為了檢測SPL9和Cu2+之間的直接相互作用,作者純化了SPL9 DNA結合區域(SPL9 SBP),使用Monolith分子互作儀檢測其與Cu2+的互作。結果顯示SPL9 SBP直接與Cu2+結合,但不與Ca2+結合。
圖注:Monolith檢測SPL9與Cu2+親和力
此外,李毅課題組在2020年研究結果解析了植物體內抗病毒RNAi信號通路,同樣用到了MST技術。
Yang, Zhirui, et al. "Jasmonate signaling enhances RNA silencing and antiviral defense in rice." Cell Host & Microbe 28.1 (2020): 89-103.
水稻抗病毒RNAi信號通路的核心蛋白AGO18受病毒侵染誘導,進而增強水稻的抗病毒免疫;但是病毒侵染如何誘導水稻AGO18的了解很少。北京大學李毅課題組發現病毒外殼蛋白(CP)過表達能夠誘導水稻茉莉酸(JA)的顯著積累,JA信號通路的關鍵轉錄因子(JAMYB)能夠結合并激活AGO18的啟動子,從而誘導AGO18的表達,抑制病毒的侵染。
為了分析AGO18啟動子上的順式作用元件,作者進行了MST實驗。將順式作用元件帶上FAM熒光,作為熒光信號源,檢測到JAMYB結合在AGO18啟動子上的順式作用元件R3,R3突變后AGO18和JAMYB喪失結合能力,進而確定了該位點對于AGO18轉錄調控的重要性。
圖3. MST檢測的JAMYB和AGO18 R3區域的結合(藍色曲線)
此外,作者通過MST實驗發現,水稻JAZ6蛋白能夠通過與JAMYB相互作用來抑制其轉錄激活活性,表明JAZ6抑制水稻抗病毒RNA沉默并損害水稻抗病毒免疫反應。
圖2. MST檢測的JAMYB和JAZ6的結合
該研究揭示了植物JA信號通路與RNAi信號通路協同參與水稻抗病毒防御的分子機制。
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植物與線蟲--蛋白和多肽
Zhang, Xin, et al. "Nematode-encoded RALF peptide mimics facilitate parasitism of plants through the FERONIA receptor kinase." Molecular plant 13.10 (2020): 1434-1454.
植物寄生線蟲是全qiu性的糧食作物病蟲害之一,然而線蟲與宿主植物相互作用的機理仍尚不清楚。植物細胞膜上的受體蛋白FERONIA及其配體RALFs參與調節植物免疫反應。湖南大學和中國農科院植物保護研究所聯合解析研究發現FERONIA突變導致植物對RKN表現出低敏感性。另外,作者在6類根結線蟲中鑒定了18種RALF-like基因,編碼的小肽可以直接結合到FERONIA的胞外結構域,從而“挾持”植物FER信號途徑,破壞植物免疫系統,促進寄生。
研究時,為了檢測了線蟲RALF- like小肽 MiRALF1/3是否同擬南芥At-RALF1具有相似的FER結合模式,作者使用MST進行檢測。結果顯示MiRALF1/3與FERECD親和力分別是25μM和64μM,而AtRALF1親和力略高,Kd為1.7μM,證明了線蟲RALF -like具有植物RALF的典型活性,且可以結合FER。
圖注:MST檢測FERECD與AtRALF1、MiRALF1或MiRALF3之間的親和力
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