肉類嫩化劑

加入適量的木瓜蛋白酶，則會鎖住肉類中的水分，使食品口感松軟、嫩滑。利用木瓜蛋白酶能裂解肉類中的膠原蛋白和肌肉纖維，而使肉的結構松散。由于木瓜蛋白酶是半胱氨酰基蛋白酶，能降解膠原纖維和結締組織蛋白質，它將肌動球蛋白和膠原蛋白降解成為小分子的多肽甚至氨基酸,令肌肉肌絲和筋腰絲斷裂,使肉類變得嫩滑，并簡化蛋白質結構使人體食用后易于消化吸收。對于魚肉而言，那些個頭小、價值低的小雜魚往往不太受到歡迎，所以我們可以利用木瓜蛋白酶的水解性質，生產出濃度較高的水解蛋白，將整條小魚溶解成蛋白質濃縮物，制成方便攜帶和食用的小魚罐頭或碎魚肉腸等。除此之外，木瓜蛋白酶還可以延長食品的保質期限，阻止動物肉類、骨頭發生變質。

大豆制品

大豆蛋白中必需氨基酸含量適當，營養價值高，但是在生產和使用的過程中常常出現沉淀、黏度等情況。采用木瓜蛋白酶可以改變大豆蛋白的理化性質。木瓜蛋白酶中游離的氨基酸與蛋白質發生作用，可以使得大豆蛋白發生凝膠，將濃縮后的大豆蛋白投入肉類、乳品加工，能改善食物中的營養結構，提高經濟效益。

適度改性制備大豆功能性蛋白改善大豆蛋白的溶解性、乳化性、凝膠性反應速率快、安全性高、容易控制、不會減弱食品營養價值。控制酶解制備大豆生物活性肽適用范圍廣,可與多酶協同作用產品穩定，易于分離。深度酶解制備大豆呈味肽適應范圍較寬,可進行深度水解可用于多種特征滋味肽產品生產。

啤酒澄清劑

引起啤酒冷藏混濁時主要原因是啤酒中的蛋白質極易與多元酚結合成大分子的復合物。利用啤酒澄清劑中的木瓜蛋白酶對形成混濁的蛋白質有廣泛的特異性，能把大分子的蛋白質降解成小分子的物質，提高了蛋白質與多元酚復合物的溶解度；另一方面，木瓜蛋白酶是一種具有生物活性的蛋白質，該蛋白質可與引起啤酒冷藏混濁的多元酚形成穩定狀態平衡，防止了啤酒的冷藏混濁還可以延長啤酒的保存期。木瓜蛋白酶能夠使啤酒中游離的氨基酸的含量發生變化，增加啤酒中的氨基酸含量，使得啤酒能保持發泡，如果在啤酒灌裝的過程中適當添加并充分攪拌，可以改善啤酒的口感，增加啤酒中的營養成分。