蛋白質是多肽分子(或由多個多肽亞單位組成)。區別在于肽是短的，多肽蛋白質是長的。確定這些有幾種不同的約定，都有瑕疵。

一個慣例是，那些足夠短的肽鏈被稱為肽，而不是蛋白質，這些肽鏈可以由氨基酸合成。然而，隨著更好的合成技術的出現，可以制造長達數百個氨基酸的肽，包括像泛素這樣的完整蛋白質。天然的化學連接可以獲得更長的蛋白質，所以這種慣例似乎過時了。

另一個慣例是在大約50個氨基酸的長度處放置一個非正式的分界線(一些人聲稱長度更短)。然而，這個定義有些武斷。長肽，如與阿爾茨海默病相連的淀粉樣β肽，可以被認為是蛋白質；小蛋白質，如胰島素，可以被認為是肽。由于這一定義的隨意性，在科學界有相當多的人傾向于使用更具體的定義，即“肽是沒有二級結構的氨基酸分子；一旦獲得確定的結構，它就是蛋白質。”因此，根據環境的不同，同一分子既可以是肽也可以是蛋白質，盡管有些肽不能是蛋白質。

1.肽類別

根據肽的產生方式，肽主要分為以下幾類:

1.1.核糖體肽

核糖體肽是通過翻譯mRNA合成的。它們通常經過蛋白水解產生成熟形式。這些功能，通常在高等生物中，作為激素和信號分子。一些低等生物產生作為抗生素的肽，例如microcin J25。因為它們是翻譯的，所以涉及的氨基酸殘基僅限于核糖體利用的那些殘基，及其翻譯后修飾，如磷酸化、羥基化、磺化、二硫鍵形成等。一般來說，它們是線性的，雖然套索結構是常見的。然而，更奇特的操作確實發生了，例如外消旋化(如在鴨嘴獸毒液中)或使用非核糖肽模塊(見下文)(如在比司他胺a中)。

1.2.非核糖體肽

非核糖體肽是使用模塊化酶復合物(其功能很像工廠中的傳送帶)合成的。非核糖體肽主要局限于單細胞生物、植物和真菌。所有這些復合體都以相似的方式布局，并且它們可以包含許多不同的模塊來對開發中的產品執行各種各樣的化學操作。一般來說，這些肽是環狀的(通常具有高度復雜的環狀結構)，盡管線性非核糖體肽是常見的。由于該系統是模塊化的，并且與構建脂肪酸和聚酮化合物的機制密切相關，因此經常發現雜化化合物。噁唑、噻唑和它們的還原對應物通常表明該化合物是以這種方式合成的。

1.3.胨類

蛋白胨來源于蛋白酶消化的動物肉。所得材料用作生長細菌和真菌的營養培養基中的蛋白質來源。

1.4.肽片段

指用于鑒定或定量來源蛋白質的蛋白質片段。這些通常是在實驗室對受控樣品進行酶降解的產物，但也可能是因自然作用而降解的法醫或古生物學樣品。

2.分子生物學中的肽

近來，由于幾個原因，肽在分子生物學中受到了重視。首先也是最重要的是，肽允許在動物體內產生抗體，而不需要純化感興趣的蛋白質。人們可以簡單地制備感興趣的蛋白質部分的抗原性肽。這些將足以在兔子或老鼠體內產生針對這種蛋白質的抗體。

另一個原因是肽已經成為質譜分析的工具，允許根據肽質量和序列鑒定感興趣的蛋白質。

肽最近被用于蛋白質[結構]和功能的研究。例如，合成肽可以用作探針來觀察蛋白質-肽相互作用發生的位置。

抑制肽也用于臨床研究，以檢查肽對癌蛋白和其他疾病的抑制作用。

3.肽家族

本節中的肽家族都是核糖體肽，通常具有激素活性。所有這些肽都由細胞合成為較長的“前肽”或“前蛋白”，并在離開細胞前被截短。它們被釋放到血液中，并在其中發揮其信號功能。

3.1.速激肽肽

• p物質
• 卡西寧
• 神經激肽A
• 欖香烯
• 神經激肽B

3.2.血管活性腸肽

• VIP血管活性腸肽
• 垂體腺苷酸環化酶激活肽
• PHI 27
• PHM 27
• 生長激素釋放激素
• 胰高血糖素
• 分泌素

3.3.胰多肽相關肽

• 神經肽y
• PYY肽YY
• APP禽胰多肽
• HPP人胰多肽

3.4.降鈣素肽

• 降血鈣素
• 胰淀素
• AGG01