一般顯微鏡從用途上可以分為工業用顯微鏡和生物用顯微鏡。工業顯微鏡，顧名思義，主要是應用在工業上，因物鏡與觀察體距離較大，可進行鏡下操作，可視范圍教大。而工業上的應用主要就是觀測材料，工業材料大部分非透明的，比如金屬、復合材料、電子半導體器件。相對于生物顯微鏡主要應用于生命科學領域，觀測的主要是細胞、病菌、組織等等，絕大多數是透明物體。由于觀察試樣的透明與非透明也就決定了兩種顯微鏡在結構上的zui大不同：光路的不同，工業顯微鏡大多是反射照明光路既落射式照明（也有一些是帶有透反兩個光路或應用在地質方面的純透光路），而生物顯微鏡除了熒光顯微鏡之外都是純透射鏡組，沒有反射光路。在透鏡組的材料使用方面也與普通生物顯微鏡有所不同，根據不同品牌，透鏡組的材料不同。

顯微鏡的的目鏡和物鏡在未使用前室沒有安裝的，因此，每次使用顯微鏡前，先要目鏡和物鏡安裝上去。顯微鏡目鏡的安裝并不難，關鍵是安裝顯微鏡的物鏡，確保物鏡安裝的正確。由于物鏡價格昂貴，為確保安全，建議在安裝顯微鏡物鏡時要用左手食指和中指托住，然后用右手將物鏡裝上去，這樣即使沒安裝好，也不會摔到地上。

顯微鏡測微尺由于不同顯微鏡及附件的放大倍數不同，因此校正目鏡測微尺必須針對特定的顯微鏡和附件（特定的物鏡、目鏡、鏡筒長度）進行，而且只能在特定的情況下重復使用，當更換不同放大倍數的目鏡或物鏡時，必須重新校正目鏡測微尺每一格所代表的長度。校正方法如下:

把目鏡的上透鏡旋下，將目鏡測微尺的刻度朝下輕輕地裝入目鏡的隔板上，把鏡臺測微尺置于載物臺上，刻度朝上。先用低倍鏡觀察，對準焦距，視野中看清鏡臺測微尺的刻度后，轉動目鏡，使目鏡測微尺與鏡臺測微尺的刻度平行，移動推動器，使兩尺重疊，再使兩尺的“0”刻度*重合，定位后，仔細尋找兩尺第二個*重合的刻度，計數兩重合刻度之間目鏡測微尺的格數和鏡臺測微尺的格數。因為鏡臺測微尺的刻度每格長l0μm，所以由下列公式可以算出目鏡測微尺每格所代表的長度。例如目鏡測微尺5小格正好與鏡臺測微尺5小格重疊，已知鏡臺測微尺每小格為l0μm，則目鏡測微尺上每小格長度為=5×10μm/5＝10μm用同法分別校正在高倍鏡下和油鏡下目鏡測微尺每小格所代表的長度。