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二氧化碳培養箱箱內消毒
二氧化碳培養箱污染是導致細胞培養失敗的一個主要因素，所以要減少和防止污染的發生，主要途徑是盡量減少微生物可以生長的區域和表面，采取消毒措施。
例如，針對箱內濕熱環境易滋生細菌等問題，采用在1000mL水中加2mL新潔爾滅液，定期用酒精和紫外線消毒箱內空氣，培養物酒精擦拭入箱內，盤里的水至少要一周換一次，控制污染，可以維持適應的蒸發作用，減少箱內微生物滋生速度。
為了培養箱免受污染并且保證儀器箱體內的生物清潔性，有些二氧化碳培養箱設計了自動排除污染裝置來有效防止污染的產生。目前有多種消毒滅菌方式，如帶有紫外消毒功能的CO2培養箱。
還有的設計生產了HEPA過濾器能過濾培養箱內空氣，可過濾除去99.97%的0.3μm以上的顆粒，此外，還有設計了能使箱內達到高溫濕熱的環境從而殺死污染微生物，達到消毒滅菌目的的培養箱。
 

二氧化碳培養箱零點飄移
培養箱使用過程中，二氧化碳零點會發生自然飄移現象，這種現象不能在箱面氣體顯示框中表現出來，使用者也不易覺察到飄移結果。二氧化碳零點是否飄移，可通過二氧化碳氣體測試儀，從控制盤上的采樣口可以采到培養箱內的氣體，然后用氣體色譜儀就可以測到二氧化碳濃度了。
二氧化碳培養箱零點的調整的步驟(一般以空氣為標準來校零，每半年進行一次，以Thermo 3111型為例):
1、把二氧化碳濃度設定值設為零，目的是不讓鋼瓶中二氧化碳進入箱內。
2、打開所有的門5min，往水盆內加上水，關上所有的門，穩定12h以上。
3、等溫濕度充分穩定后，觀察二氧化碳濃度顯示值是否為零，若不為零，校正至零(按Mode鍵至Cal檔，按左鍵或右鍵選擇至顯示“CO2 CAL XX.X”，用上鍵或下鍵把數值調為零，然后按Enter鍵確認)。
4、重新把二氧化碳濃度設定值設回(如5.0%)。

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