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電解法次氯酸鈉發生器/醫院廢水處理設備的消毒滅菌原理大致有如下三種作用方式：
次氯酸鈉發生器消殺主要的作用方式是通過它的水解形成次氯酸，次氯酸再進一步分解形成新生態氧，新生態氧的強氧化性使菌體和病毒上的蛋白質等物質變性，從而致死病源微生物。其實，氯氣消毒的原理也主要是以產生出次氯酸，然后釋放出新生態氧的方式。
其次，次氯酸在消毒、殺病毒過程中，次氯酸鈉發生器不僅可作用于細胞壁、病毒外殼，而且因次氯酸分子小，不帶電荷，還可滲透入病毒體內，與病毒體蛋白、核酸、酶等有機高分子發生氧化反應，完成消毒目的。
同時，次氯酸產生出的氯離子還能明顯改變細菌和病毒體的滲透壓，次氯酸鈉發生器使其細胞喪失活性而死亡。
此外，電解法次氯酸鈉發生器/醫院廢水處理設備還能夠分解蔬菜、水果等農副產品上所殘存的微量農藥。絕大多數農藥都是由有機物組成的，而設備所釋放出來的新態氧能氧化分解掉這些物質。次氯酸鈉發生器對現代農業、果蔬包裝業的發展具有重大推動作用。
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